La Federación nació del trabajo de un Comité Gestor presidido por Cosme Damián Sánchez Vásquez, con Reynaldo Miguel Coste Henríquez como secretario. Antes de la fundación, ese comité acompañó a las cooperativas en sus planes estratégicos, organizó talleres sobre responsabilidad fiscal y laboral, un seminario sobre lavado de activos con el CONACOOP y el IDECOOP, y el Encuentro Nacional «Desafíos y perspectivas del Cooperativismo Dominicano» junto a la Red Latinoamericana de Cooperativistas.
El domingo 4 de marzo de 2018, en el Salón de Actos de la Cooperativa de Ahorros y Créditos Maimón, 32 de los 42 asambleístas convocados celebraron la Asamblea Constitutiva. Ese día aprobaron los Estatutos y eligieron los primeros órganos de dirección. Las seis cooperativas fundadoras fueron COOPROCAMA, COOPEMPRENDEDOR, COOPMAIMÓN, COOPERSAN, COOPALINA y la Cooperativa San José del Puerto.
El IDECOOP otorgó el visto bueno a los Estatutos en 2018 y certificó en 2019 que la Federación cumplía los requisitos de la Ley 127-64. El 10 de enero de 2020, el Decreto 12-20 del Poder Ejecutivo concedió a FECOOPNORDESTE el beneficio de la incorporación.